Qədim tarixə malik Qarabağ xalçaçılıq sənətinin ənənələrinin öyrənilməsi,qorunması və yaşadılması məqsədilə Azərbaycan SSR Mədəniyyət Nazirliyinin 502 №-li 26 sentyabr 1985-ci il tarixli əmrinə əsasən Azərbaycan Xalçası və Xalq Tətbiqi Sənəti Dövlət Muzeyi Şuşa filialının yaradılması haqqında qərar qəbul edildi. Filial fəaliyyətinə 19 may 1987-ci il tarixindən Şuşa şəhərində, XIX əsrin tarixi-memarlıq abidəsi olan, Azərbaycanın ilk Hərbi naziri, general Səməd bəy Mehmandarovlara məxsus malikanədə başlamışdır. 
Şuşa filialında Azərbaycan Xalçası və Xalq Tətbiqi Sənəti Dövlət muzeyinin əsas fondundan seçilmiş,bəşər mədəniyyətinə incilər bəxş edən,Qarabağın milli sənət dəyərləni yaşadan xovlu-xovsuz xalçalar, xalça məmulatları, bədii tikmə, milli geyim nümunələri, zərgərlik və bədii metal məmulatları nümayiş olunurdu.
Azərbaycan və Ermənistan arasında baş vermiş hərbi münaqişə zamanı Şuşa şəhəri ermənilər tərəfindən işğal olunma təhlükəsi ilə üz-üzə qaldı. Milli sərvətimizin talan edilməsi təhlükəsi 1992-ci ilin fevral ayında filialın öz fəaliyyətini dayandırmsına səbəb oldu. 1992-ci il 26 fevral tarixində Şuşa filialının 246 ədəd eksponatından 183-ü (80 ədəd xovlu xalça, 35 ədəd xovsuz xalça və xalça məmulatı, 29 ədəd bədii tikmə və geyim, 39 ədəd zərgərlik məmulatı) təxliyə edilərək Bərdəyə, daha sonra Bakı şəhərinə gətirilərək, Azərbaycan Xalça Muzeyinin əsas fonduna təhvil verilmişdir. 
Qeyd edək ki, Şuşada fəaliyyət göstərən 8 muzeydən yalnız Azərbaycan Xalça Muzeyi əşyalarının yarıdan çoxunu, dahi bəstəkar Üzeyir Hacıbəylinin ev muzeyi isə əşyalarını qismən xilas edə bilmişdir. 
Xilas edilmiş eksponatlar arasında XIX-XX əsrləri əhatə edən Qarabağın ənənəvi “Şabalıd-buta”, “Malıbəyli”, “Qoca”, “Bəhmənli”, “Atlı-itli”, “Xanlıq”, “Çələbi”, “Açma-yumma” çeşniləri əsasında toxunmuş xovlu xalçalar, məişətdə geniş istifadə olunan xovsuz xalçalar və xalça məmulatları, bədii tikmə, milli geyimlər və zərgərlik nümunələri var. 
Hazırda Şuşa filialı öz fəaliyyətini Azərbaycan Xalça Muzeyində davam etdirir. Bu gün filialın qarşıya qoyduğu əsas məqsəd dünya ictimaiyyətinə erməni vandalizminə məruz qalmış maddi-mədəni sərvətlərimizi göstərmək, habelə Qarabağ bölgəsinə məxsus sənət əsərlərinin layiqincə təbliğini və nəsildən-nəsilə ötürülərək yaşadılmasını təmin etmək və Qarabağın unudulmaqda olan toxuculuq texnologiyalarının bərpa və inkişafına nail olmaqdır.