İnstitutun yaranma tarixini Azərbaycan ЕА-dakı Neft ekspedisiyası nəzdində 1952-ci ilin mayında еlektromodelləşdirmə laboratoriyasının təşkil olunduğu vaxtdan hesablamaq olar. Neft ekspedisiyasının yenidən təşkili ilə əlaqədar olaraq laboratoriya 1956-cı ildə Elmlər Akademiysının Fizika və Riyaziyyat, 1958-ci ildə isə Elmlər Akademiysının Riyaziyyat və Mexanika institutunun tərkibinə daxil edilmiş və Hesablama mərkəzi adlandırılmışdır. 50-ci illərin sonunda Respublikaya universal rəqəmli hesablama maşınlarının gətirilməsi hesablama üsulları və proqramlaşdırma sahələrində tədqiqatların aparılmasına təkan verdi, bu da öz növbəsində 1960-ci ildə Hesablama mərkəzinin Elmlər Akademiyasının tərkibində müstəqil təşkilata çevrilməsinə əsas yaratdı. Həmin il Hesablama mərkəzinin tərkibində keçmiş ittifaq miqyasında ikinci olaraq (Ukraynadan sonra) «Elektron hesablama maşınları» laboratoriyası yaradıldı. Bu laboratoriya ölkəmizdə kibernetikanın və informatikanın inkişafına həlledici təsir göstərmişdir. 1965-ci ildə Hesablama mərkəzi əsasında Kibernetika İnstitutu yaradıldı. Xalq təsərrüfatında avtomatlaşdırılmış idarəetmə sistemlə-rinin yaradılması və tətbiqi məqsədilə 1971-ci ildə Kibernetika institutunun nəzdində təsərrüfat hesablı “Avtomatlaşdırılmış İdarəetmə sistemləri” şöbəsi yaradıldı (1982-ci ilin martında AİS şöbəsi müstəqil təşkilata, 2002-ci ildə isə İnformasiya Texnolo-giyası İnstitutuna çevrildi). Kibernetika institutu “Respublika Avtomatlaşdırılmış İdarəetmə Sistemi”nin yaradılması (1977-1981) üzrə baş təşkilat təyin olunmuşdu və bu işlər akad. İ.Ə.İbrahimovun rəhbərliyi altında aparılırdı. 1978-ci ilin yanvarında institutda işlənən cihaz və qurğuların təcrübi nümünələrinin yaradılması və tətbiqi üçün “Kibernetika” XKB-su təşkil edilmişdir. Təsərrüfat hesablı Büro indi də böyük uğurla fəaliyyət göstərir. 2014-cü ildə Nazirlər kabinetinin qərarı ilə institutun adı "İdarəetmə Sistemləri" institutu olaraq dəyişdirilmişdir.İnstituta, təşkil olunduğu vaxtdan 1965-ci ilə kimi, t.e.d., professor Səid Əmiraslan oğlu Ələsgərov, 1965-1970-ci illərdə akademik Əşrəf İsgəndər oğlu Hüseynov, 1970-1988-ci illərdə akademik Cəlal Eyvaz oğlu Allahverdiyev rəhbərlik etmişlər. 1988-ci ildən İnstitutun direktoru AMEA-nın həqiqi üzvü,texnika elmləri doktoru, professor, "Şöhrət" ordenli əməkdar elm xadimi Telman Abbas oğlu Əliyevdir.