Qobustan rayonu Şamaxıdan şərq tərəfdə, Bakıdan 101 km aralıda yerləşir. Qobustanda ərazinin relyefi - dərələr, yarğanlar, qayalar, toponimik şəkildə öz əksini tapmışdır. Qobustan adi görünüşündən fərqli olaraq bitki örtüyü ilə zəngindir. Azərbaycandakı 4000 bitki növündən 470 növünə burada təsadüf olunur. Əksəriyyəti çiçəkli bitkilərdir.Rayonun iqlimi əsas etibarı ilə yarımsəhra iqlimidir. Ümumiyyətlə fiziki-coğrafi sahə olmaqla Qobustan ərazisinin bir qismi Xızı, Abşeron, Qaradağ, Hacıqabul inzibati rayonlarına daxil olmaqla yanaşı onun əsas hissəsi (1369,4 km2) 24 aprel 1990-cı ildə yaradılmış Qobustan inzibati rayonuna daxilmişdir. Qobustan inzibati rayonu ərazisi mürəkkəb relyef malik dağlıq sahədir. Ərazi oroqrafiyasına görə dağlıq yayla, tənəli öndağ, düzənliklər olmaqla üç yerə bölünür. Acıdərə yaxınlığında dağlarda gil karstı inkişaf etmişdir. Buna görə də tipik karst landşaftı yayılmışdır. Qobustan relyef formalarının əmələgəlməsində küləklərin, yağıntıların palçıq vulkanlarının rolu böyükdür. Rayon ərazisində Cəyirli, Şorsulu, Kolanı, Şeyxsərli, Qoduq qıran və s. palçıq vulkanları vardır.