Мечеть построена в квартале Гянджели города Шеки. Дата строительства точно неизвестна. Однако, по словам местных жителей мечеть существовала ещё до нападения Надир шаха. Площадь зала богослужений мечети 26x13 метров. Зал богослужений находится на втором этаже. А на первом этаже находятся вспомогательные комнаты. Площадь придворного участка 660 кв.м.

Эта четырёхугольная мечеть выложена из жжёного кирпича и руды. Толщина стен 75 см. Покрытие крыши оформлено слоём белого железа.

Мечеть Хазрат Али сохранила свой первозданный облик. Однако, её минарет был разрушен в годы репрессии. В 1997 году минарет и алтарь мечети были построены заново. Высота нынешнего минарета 22 метра. Круглый минарет оформлен жжёным кирпичом.

В советское время мечеть использовалась в качестве школы и спортивного зала. В 1994 году её деятельность была возобновлена.

Мечеть Хазрат Али начиная с 1994 года восстановлена Культурным Центром Иранской Исламской Республики в Баку. Во время реставрации были заново построены зал богослужений и минарет мечети.

Мечеть Хазрат Али прославилась своими известными мулла. Одним из них был Ахунд Абдулджаббар Зейналабдин оглу Пишнамаззаде. Он получил образование в Наджафуль-ашрале, и написал книгу «Мисбахуи-Харамейн». Его могила находится перед мечетью.

Энциклопедия мечетей Азербайджанской Республики